Το Μουσείο Φυσικής Ιστορίας Μετεώρων και Μουσείο Μανιταριών έχει καταταγεί ανάμεσα στα κορυφαία μουσεία της Ευρώπης και της Ελλάδας, σύμφωνα με τις κριτικές επισκεπτών στον ιστότοπο TripAdvisor. Ειδικότερα, το μουσείο στον συγκεκριμένο κατάλογο βρίσκεται στην 6η θέση ανάμεσα σε 1342 Μουσεία Φυσικής Ιστορίας της Ευρώπης και στην 1η θέση μεταξύ των ομοειδών μουσείων στην Ελλάδα, ενώ κατέχει την 1η θέση στη Θεσσαλία.
Σύμφωνα με πληροφορίες από το Newsit.gr, το μουσείο αναδείχθηκε επίσης στην 18η θέση ανάμεσα στα αγαπημένα μουσεία γενικά στην Ελλάδα. Το 2024 έλαβε και το βραβείο Travellers’ Choice, που το κατατάσσει στο 10% των κορυφαίων δραστηριοτήτων παγκοσμίως.
Ο διευθυντής του μουσείου, Νίκος Πάλλας, εξέφρασε την ευγνωμοσύνη του προς την ομάδα του μουσείου και τους επισκέπτες, δηλώνοντας ότι το μουσείο θα συνεχίσει να προσφέρει μια εξαιρετική μουσειακή εμπειρία, συμβάλλοντας στην τοπική τουριστική ανάπτυξη και εξωστρέφεια.