Το Εβραϊκό Μουσείο Θεσσαλονίκης, το οποίο άνοιξε το 2001, στοχεύει στη μελέτη και διατήρηση της μνήμης της εβραϊκής κοινότητας στην πόλη. Σύμφωνα με την ΕΡΤ3, η Ξένια Ελευθερίου, επιστημονικά υπεύθυνη του μουσείου, ανέφερε ότι από το 2005 το μουσείο υλοποίησε ένα τετραετές ερευνητικό πρόγραμμα, συγκεντρώνοντας έγγραφα και τεκμήρια σχετικά με τις εβραϊκές επιχειρήσεις της Θεσσαλονίκης. Με τη βοήθεια συλλεκτών, η συλλογή του μουσείου είναι πλέον από τις σημαντικότερες στην ελληνική πόλη, καθώς μέχρι το 1940, οι εβραϊκής ιδιοκτησίας επιχειρήσεις είχαν εξέχουσα θέση.
Σημαντικό πρόσφατο απόκτημα είναι ο ηλεκτρονικός κατάλογος περισσοτέρων από 50.000 Θεσσαλονικέων εβραϊκού θρησκεύματος που εξοντώθηκαν στα στρατόπεδα του θανάτου. Ο κατάλογος αυτός είναι το αποτέλεσμα πολυετούς εργασίας του Χ. Κούνιο, ο οποίος υπήρξε και ο ίδιος κρατούμενος.
Επιπλέον, η έκθεση Ασσαέλ του μουσείου αναδεικνύει την ιστορία της κατοχικής περιόδου στη Θεσσαλονίκη μέσα από αδημοσίευτα ιστορικά τεκμήρια, περιλαμβάνοντας φωτογραφίες Γερμανών στρατιωτών της εποχής, προσφέροντας νέες οπτικές στην τοπική ιστορία. Οι πληροφορίες προέρχονται από την ΕΡΤ3.