Η δεκαεξάχρονη πολιορκία του Ηρακλείου από τους Τούρκους κατέληξε στην παράδοση των Βενετών, παρά τις προσπάθειες ενίσχυσης από χιλιάδες Γάλλους, Γερμανούς, Δανούς και άλλους στρατιώτες. Οι απώλειες σε άνδρες και πλοία αποτυπώνονται στο βυθό της περιοχής, όπως τονίζει ο δημοσιογράφος της ΕΡΤ3, Γιώργος Παπαδάκης, από το ιστορικό μουσείο Κρήτης.
Τον Αύγουστο του 1669, μετά από επιθέσεις και την απώλεια πόρων, ο Βενετός δόγης Φραντσέσκο Μοροζίνι παρέδωσε την πόλη στους Τούρκους, αφήνοντας πίσω ένα σημαντικό στρατιωτικό και ιστορικό αποτύπωμα. Κατά τα λεγόμενα του Αγησίλαου Καλουτσάκη, επιμελητού στο ιστορικό μουσείο Κρήτης, από το «ναυάγιο των σκελετών» ανασύρθηκαν πλήθος αντικειμένων, όπως μεταλλικά προϊόντα και πολεμοφόδια.
Ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζει η ιστορία της φρεγάτας «La Therese», το θησαυροφυλάκιο των Γάλλων που βυθίστηκε μετά από έκρηξη, με μόνο επτά από τα 350 μέλη του πληρώματός του να επιβιώνουν. Τμήματα του πλοίου ανασύρθηκαν το 1987, αλλά δεν βρέθηκε ο θησαυρός που περιείχε. Σύμφωνα με τον κ. Καλουτσάκη, η ανακάλυψη προσφέρει σημαντικά στοιχεία για τις συνθήκες ζωής στα πλοία του 17ου αιώνα.
Η ολοκλήρωση της πολιορκίας συνοδεύεται από προδοσία. Στις 15 Νοεμβρίου 1667, ο Βενετός μηχανικός συνταγματάρχης Ανδρέας Μπαρότσι, αυτομόλησε στους Τούρκους και παρέδωσε την πόλη, κερδίζοντας οικονομικά και γαιοκτητικά οφέλη. Σύμφωνα με πληροφορίες από το Presses universitaires de Rennes, οι Βενετοί κατέβαλαν πολλές προσπάθειες να εξοντώσουν τον προδότη, αλλά αυτός σκοτώθηκε μόνο το 1682.
Η πτώση της κτήσης ανέδειξε την ανθεκτικότητα αλλά και τις εσωτερικές προκλήσεις του Βενετικού στρατού, ενώ οδήγησε σε αναπροσαρμογές στην παρουσία τους στην Μεσόγειο, με τις κτήσεις της Γραμβούσας, της Σούδας και της Σπιναλόγκας να διατηρούνται υπό Βενετικό έλεγχο.